We use cookies to ensure you get the best experience on our website
Trang chủ Khám phá Trợ giúp News
Đăng nhập
neuroinformatics
/
oscar-test-data
6
0
Fork 0
Các tập tin Các vấn đề 0 Yêu cầu khéo về 0 Wiki

Không có mô tả

Tree: 7f3ea712c1
Branches Tags
oscar-test-d...
K-Meech 7f3ea712c1 Merge branch 'hc/api-more-than-two-parents' of neuroinformatics/oscar-test-data into master 2 tháng trước cách đây
.gitignore 769b041e8d Added gitignore for DSstore 3 tháng trước cách đây
README.md d2987e9fd6 add a brief readme outlining test data types 3 tháng trước cách đây
pyrat-api-line-mutations-response.json a51ac9e2d9 switch mutation order so we can check alphabetical sorting 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-lines-response-1.json 7e0b7d8963 add mock responses for api lines call 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-lines-response-2.json 7e0b7d8963 add mock responses for api lines call 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-lines.csv 7e0b7d8963 add mock responses for api lines call 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-multiple-response-and-parents-both-parents.json 3b7eed8428 updating files to join parents 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-multiple-response-and-parents-offspring.json 6607045683 updated test data to include match asserts better 3 tháng trước cách đây
pyrat-api-multiple-response-multiple-parents.csv 9dc46d3c61 changed column names to fit new naming scheme 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-multiple-responses-offspring.json 609d85dade fix typo in animalid 5 tháng trước cách đây
pyrat-api-multiple-responses-parents.json 68e393951d joined parents into one file 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-multiple-responses.csv 6a833f2c20 removed err multiple parents 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-no-parents-mutations-offspring.json c8bc4ed8b6 add example with no listed mutations or parents 5 tháng trước cách đây
pyrat-api-no-parents-mutations.csv 77e740541e update to include new column naming scheme - test batch 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-single-parent-mother.json 88dad25fe1 add example where all individuals are missing one parent 5 tháng trước cách đây
pyrat-api-single-parent-offspring.json 88dad25fe1 add example where all individuals are missing one parent 5 tháng trước cách đây
pyrat-api-single-parent.csv 77e740541e update to include new column naming scheme - test batch 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-single-response-offspring.json 1acee0f65e add mock json responses for api requests 5 tháng trước cách đây
pyrat-api-single-response-parents.json 3b7eed8428 updating files to join parents 2 tháng trước cách đây
pyrat-api-single-response.csv 77e740541e update to include new column naming scheme - test batch 2 tháng trước cách đây
pyrat-data-2-mutations.csv e730a1c2d1 update ID 17 so there's a mix of offspring genotypes 3 tháng trước cách đây
pyrat-data-3-mutations.csv 1cd9858c9d remove impossible offspring genotype for ID-014 3 tháng trước cách đây
pyrat-data-forbidden-genotypes.csv 5ecc096a12 remove forbidden scheme from forbidden-genotypes.csv 2 tháng trước cách đây
pyrat-data-forbidden-schemes.csv 128eedc090 fixed typo in forbidden 3 tháng trước cách đây
pyrat-data-single-mutation.csv 322cb3d778 update mother ids to be sequential in single mutation data 6 tháng trước cách đây
standardised-data-2-mutations.csv e730a1c2d1 update ID 17 so there's a mix of offspring genotypes 3 tháng trước cách đây
standardised-data-3-mutations.csv 1cd9858c9d remove impossible offspring genotype for ID-014 3 tháng trước cách đây
standardised-data-forbidden-genotypes.csv 5ecc096a12 remove forbidden scheme from forbidden-genotypes.csv 2 tháng trước cách đây
standardised-data-forbidden-schemes.csv 128eedc090 fixed typo in forbidden 3 tháng trước cách đây
standardised-data-single-mutation.csv 322cb3d778 update mother ids to be sequential in single mutation data 6 tháng trước cách đây

README.md

oscar-test-data

Test data for OSCaR breeding scheme calculator.

All test data is fake, but matches the structure and edge cases of real data from a PyRAT server.

Types of test data

  • *.json: JSON files of raw PyRAT api responses
  • pyrat-api-*.csv: Expected csv files output by get_pyrat_data
  • pyrat-data-*.csv: Input csv files to standardise_pyrat_csv
  • standardised-data-*.csv: Expected output csv files from standardise_pyrat_csv